自2003年以来，晶体硅太阳能电池的主要原材料多晶硅价格已经上涨了10多倍，从当初的20美元/公斤飞涨到近300美元/公斤。在原材料的一片“涨声”之中，业界自然而然地将目光转向硅原料消耗量只及晶体硅太阳能电池1%的非晶硅薄膜太阳能电池。与所有新兴产业一样，中国的薄膜太阳能电池产业在发展过程中也会遭遇“成长的烦恼”，必须闯过若干难关。
        光电转换效率尚待提高。与晶体硅太阳能电池相比，尽管薄膜太阳能电池有无可置疑的成本优势，但其5%-8%的光电转换效率却不到晶体硅太阳能电池的1/2，通过技术突破以提升光电转换效率是薄膜电池的重大课题。当然，目前薄膜太阳能电池的规模生产条件已经成熟，研发工作可以建立在产业化的基础之上，这对技术的进步无疑会有所助益。
        制造设备被国外公司掌控。近几年国内在晶体硅太阳能电池制造设备领域有飞速发展，但薄膜太阳能电池设备市场仍然被美国应用材料、日本ULVAC和瑞士Oerlikon三家公司所瓜分。国内薄膜太阳能电池产业同样应该关注装备制造业的发展。
        过高的电价，是整个光伏产业都需要面对的问题。目前太阳能电池上网电价是火力发电的10倍。有专家指出，随着环保成本的增加，火力发电的电价变换将呈上升曲线，而薄膜太阳能电池上网电价则将随着大规模量产和转换效率的提高而逐渐下降，两条曲线预计将在2012年-2015年之间相交。
        市场前景也是不容忽视的问题。我国晶体硅太阳能电池产业的特征是“两头在外”，即主要原材料产地和主要市场都在国外。而薄膜太阳能电池产业即便缓解了原材料难题，也无法回避过分依赖国际市场的风险。
        克服这些困难必须依靠企业和政府的协同努力。强化经营管理、加快研发进度和扩充生产规模是企业的职责;业内专家也呼吁政府充分配合，比如尽快出台并网发电的政策，尽快解决结算方法的问题，对生产企业、用户和设备制造商予以适当的补贴等等。同时，专家也呼吁改变当前执行的按需要提供能源的政策，建议制定能源计划，按资源消耗的控制条件安排能源生产。
        如果企业与政府协同作战，突破了以上难关，中国的新能源产业或许真能迎来“阳光灿烂的日子”。